Tumgik
#Drosophila
luciliascarcass · 29 days
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Cool unfinished sketch of a fly girl!
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markscherz · 3 months
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As you're a proper phd scientist who made it through the gauntlet of higher education, I then assume that you have done some classes that have landed you in a fly lab or two. Do you happen to have a favorite Drosophila melanogaster mutation? Mine is apterous because they're flies who cant do the one thing they're named for (they can't fly).
I managed to avoid the fly labs, but I had amazing lectures by the inimitable Dr Vernon French during my bachelors at the University of Edinburgh about evo-devo and Drosophila. No better way to develop a deep fascination with HOX genes and other transcription factors. Off the top of my head, I think Bithorax is pretty nifty.
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Left something on your doorstep for you. 😉
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Dionaea muscipula. They are very fascinating plants, having evolved such a unique mechanism to get their nutrients, preying on insects to gain nitrogen from their aminoacids. Thank you, they are going to be very useful. Since a few weeks there is a colony of Drosophila melanogaster in my kitchen, although those flies are very useful for studying genetics, they do tend to be a bit annoying in one's living quarters.
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bpod-bpod · 28 days
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Nervous System Shapers
Identifying the genes that regulate the shaping and maintenance of the fruit fly central nervous system – insight for possible roles for homologous genes in mammals
Read the published research article here
Image from work by Haluk Lacin and Yuqing Zhu, and colleagues
Division of Biological and Biomedical Systems, University of Missouri-Kansas City, Kansas City and Department of Genetics, Washington University School of Medicine, St. Louis, MO, USA
Image originally published with a Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY-NC 4.0)
Published in bioRxiv, February 2024 (not peer reviewed)
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bowelfly · 1 year
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hooting in the holler
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buggbuzz · 5 months
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yesterday i actually had the urge to draw for once so here's some doodles as well as yet another attempt to figure out how to draw my own damn face
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thelastmemeera · 10 months
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So a full 3d map of a real fruit fly brain is freely available online to screw around with every cell every synapse everything how????
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planetary-bugs · 7 months
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Invertober day 11 🪰
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jupiterswasphouse · 1 year
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[PHOTOS TAKEN: APRIL 22ND, 2023 | Image ID: Three photos of a brown-ish yellow fruit fly with red eyes standing on the side of a partially clear plastic water bottle /End IDs.]
Little guy decided to hang out for a bit :]
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diiiptera · 5 months
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Drosophila melanogaster wild type and white eye mutations
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techniktagebuch · 50 years
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1970 bis 1973
Drosophila auf dem Fernschreiber
Kathrin Passig: Du hast doch irgendwann im späten Paläozoikum Programmierdinge im Zusammenhang, glaube ich, mit Biologie gemacht, wann war das? Irgendwann in den Siebzigern?
Heidi Hecht: Ja, ich habe 73 Examen gemacht, 73 war schon das zweite Examen, 71 habe ich das erste gemacht.
Kathrin: Das war irgendwas mit Drosophila, oder?
Heidi: Genau, da habe ich das erste Programm geschrieben. DROS1. Da ging es darum, aus gegebenen Phänotypen, die man miteinander kreuzt, herauszufinden, welchen Genotyp die haben. Und das wurde mit einem Computerprogramm gemacht, damals noch mit einem Fernschreiber, so hieß das.
Kathrin: Aber meinst du jetzt mit Fernschreiber wirklich Fernschreiber, oder meinst du so ein Terminal, was an einem Großrechner dranhängt?
Heidi: Na ja, aber wir nannten das Fernschreiber*. Das war der offizielle Ausdruck. Wir hatten einen Raum, wo vielleicht sieben, acht solche Dinger standen, und da hat jeder so einem Gerät sitzen und arbeiten können.
* “Fernschreiber stellen prinzipiell seriell arbeitende, digitale Ein- und Ausgabegeräte dar. Folgerichtig wurden sie in großem Umfang als Computer-Peripheriegeräte eingesetzt – zum einen mit ihrem Druckteil als reines Ausgabegerät, zum anderen zusätzlich mit der Tastatur als Terminal zur direkten Steuerung eines Computers. Spuren dieser Verwendung finden sich bis heute, etwa in den Steuerzeichen Carriage Return (CR) und Line Feed (LF). An manchen Universitäten waren noch bis in die 1970er Jahre Fernschreiber zum Erstellen von Programmlochstreifen und Ausdrucken der auf einem Streifenlocher produzierten Ergebnisse im Einsatz.” (Wikipedia)
Kathrin: Wo war das?
Heidi: An der Uni in Freiburg. Und das war das erste Programm, Drosophila, genau, der GEKO [Schreibweise ist noch abzuklären] war das zweite.
Kathrin: Ist da irgendwas davon erhalten?
Heidi: Ich glaube, ich habe meine Arbeit noch von damals. Das war ja sogar so, dass damals dieser Prof da war, der aus USA kam und dieses System am Rechenzentrum installiert hatte, damit man eben solche Programme schreiben konnte. Und da hatten wir eben diese Fernschreiber, und über die Fernschreiber hab ich das programmiert, und dann lief das dann auch auf den Fernschreibern ab. Sodass praktisch die Leute dann auf dem Papier Fragen gestellt bekamen und sie darauf antworten konnten.
Kathrin: Wie jetzt, Fragen gestellt bekamen?
Heidi: Ja, na ja, das Programm lief so ab, dass da halt eine Frage gestellt wurde, so wie am Computer auch. Und dann wartete das Programm, bis du deine Eingabe gemacht hast, dann musstest du was sagen. Das war eigentlich ein Programm, mit dem man lernen konnte, wie sich die Gene verteilen.
Kathrin: Ach, das war Lernsoftware.
Heidi: Ja, genau. Eigentlich war die Aufgabe die, herauszufinden, wie sahen die Eltern aus? Welche genetische Konstellation hatten die Eltern? Du kriegst also den Phänotyp beschrieben, und dann musst du aus den verschiedenen Phänotypen, die du da hast, ne Kreuzung machen, und dann hast du gesagt, ich kreuze die Drosophila mit der Drosophila, und dann kam ein Ergebnis raus, und dann musstest du aus diesem Ergebnis schließen, wie die Eltern aussahen. Das war die Grundidee von dem Programm, und das lief alles mit nem Fernschreiber.
Kathrin: Weißt du noch, in was für einer Programmiersprache?
Heidi: Die hieß PLANIT*. Das war eine Programmiersprache, die speziell für Lernsoftware gemacht wurde. Sehr einfach. Aus USA kam die. Und der Prof, mit dem ich das gemacht habe, der war vorher in Houston oder so irgendwo gewesen, in irgendeinem amerikanischen Staat, wo er eben dieses Programm auch kennengelernt hat und das dann nach Freiburg holen konnte. Das war noch in Freiburg.
* “PLANIT (= Programming Language for Interactive Teaching), eine Entwicklung des Kalifornischen Computerherstellers System Development Corporation (SDC), basiert auf Fortran und ist ähnlich wie Coursewriter framestrukturiert. Diese Programmsprache ist aber äußerst komplex. Sie erlaubt sowohl die Analyse von freien Antworten des Lerners als auch die Protokollierung von spezifischen Lernerdaten (Ripota 1974, S. 296 f.). Diese vielseitige Autorensprache kann seit 1968 auf unterschiedlichen Computersystemen eingesetzt werden, was sie besonders attraktiv macht (Kaier 1977, S. 162).” (Quelle: www.econstor.eu/bitstream/10419/105485/1/810615169.pdf)
Kathrin: Also, während man diese Lernsoftware benutzt hat, hat man sich da so schreibenderweise mit der Software verständigt. Aber wie hat das ausgesehen, während du da dran programmiert hast? Du hattest ja auch kein direktes Feedback, wie das jetzt läuft, oder?
Heidi: Na, ich hab halt da in dieser Programmiersprache, in PLANIT geschrieben, und das ging auch über das Terminal.
Kathrin: Ach so also, du hast schon direkt gesehen, ob das funktioniert oder nicht. Also ich frage deshalb, weil noch ein paar Jahre vorher war es offenbar so, dass man seinen Code zu Hause auf kariertem Papier entworfen hat, und dann musste man ihn erst mal in Karten übersetzen lassen, und dann irgendwann kriegte man dann das Ergebnis zurück. Aber das war da schon Vergangenheit.
Heidi: Nee, nee, das war nicht Vergangenheit. Für die normale Programmierung, also, sagen wir mal, wissenschaftliche Rechenzentren haben so gearbeitet zu der Zeit, und ich ja auch dann. Ich habe ja auch noch mit Lochkarten gearbeitet, in den Siebzigern, Anfang 70, und als ich nach Berlin kam, sowieso, da hatten sie ja eh noch nichts. Das mit den Lochkarten war aber nur, um FORTRAN zu machen. Also, ich hab mit den Lochkarten FORTRAN gemacht und FORTRAN war ... was hab ich in FORTRAN gemacht ... Ich hab immer solche Stapel von Karten eingelesen. Das waren irgendwelche Wissenschaftler, die irgendwas ausgewertet haben, ihre Ergebnisse eingegeben haben, und die musste ich übertragen auf Lochkarten. Du musst ja, wenn du zum Beispiel Daten hast von irgendwelchen Reihen, also wo du Messreihen hattest, dann müssen die Messreihen ja irgendwo gespeichert werden, und du konntest damals das nicht einfach so speichern. Da gab es keine, keine Maschinen.
Kathrin: Und du hast dann die Lochkarten aus den Daten hergestellt?
Heidi: Richtig. Das war FORTRAN.
Kathrin: Könntest du das noch?
Heidi: Glaub nicht.
Kathrin: Wie muss man sich das überhaupt technisch vorstellen? Also wie kriegt man die Daten auf die Lochkarte?
Heidi: Da hast du einen Lochkartenschreiber. Und wenn du da sagst, also ich will jetzt 168 zum Beispiel als Ergebnis eines Rechenvorgangs damit eingeben für eine Reihe, dann kannst du das normal tippen, und dann gibt es eine Karte aus, die dann halt dort an der Stelle Löcher hat.
Kathrin: Du tippst das quasi blind? Weil Monitor ist da ja wahrscheinlich keiner an der Stelle.
Heidi: Schreibmaschine. So was wie eine Schreibmaschine hast du da gehabt, Also das hast du da unten deinen Schreibkasten gehabt, und dann hat es diese Karte eingezogen, dann hast du geschrieben, dann hat es die Karte ausgegeben.
Kathrin: Und steht das dann auch nochmal in menschenlesbarer Form auf der Karte drauf? Oder wie stellst du fest, dass du dich vertippt hast?
Heidi: Beim Rechnen hinterher. (Lacht.) ... Ja, du hast ja dann die Karten, und diese Karten wurden dann in dem Rechenzentrum eingelesen.
Kathrin: Das hast dann aber nicht mehr du gemacht?
Heidi: Nein, das habe ich nicht mehr gemacht. Das konnten nur die, die am Rechenzentrum gearbeitet haben. Weißt du, kennst du das Rechenzentrum von der FU, wo das damals war? Arnimallee. Auf der rechten Seite war das Institut für Mathematik, und da war auch das Rechenzentrum. Das war mein erster Nebenjob an der Uni. Ich kam aus Gießen und hatte zwar dort auch schon Programmieren gelernt ...
Kathrin: In was?
Heidi: In PLANIT. Nein, das war nicht PLANIT. BASIC. Da hab ich mit den Leuten da auch schon ein kleines Programm geschrieben gehabt, das war zum Unterrichten für Mediziner mit Abfragung von irgendwelchen medizinischen Wissenssachen, und dann mussten die die Antworten eintippen, und ...
Kathrin: Das war aber zum Üben, oder? Das war nicht, damit sie damit irgendwie Prüfungen abhalten konnten. Oder?
Heidi: Nee, nee. Prüfungen, das war ja um die Zeit verpönt. Die hatten ja alle Angst, dass man unter Umständen mit dem Computer später dann diese Prüfungen abhalten könnte, was ja erst mal so ein bisschen ein Angstfaktor war.
Kathrin: Aber warum eigentlich?
Heidi: Weil sie gedacht haben, dass, wenn man sich mal verschreibt, dass vielleicht nicht richtig erkannt wird.
Kathrin: Ah, ach so, die Studierenden hatten Angst! Ich dachte jetzt, vielleicht das Unipersonal, weil die vielleicht irgendwie dachten, dass das bedeutet, dass gleich ihr ganzer Beruf ...
Heidi: Es ging wirklich nur darum, wie Studierende mit ihren Lehrenden klarkommen. Wir hatten damals in Gießen versucht, medizinische Themen ... damals waren das reine Abfragethemen, also ein Frage-Antwort-System, wo dann hinterher entschieden wurde, wie viel jemand richtig oder falsch beantwortet hat. Und das ist natürlich auch ein bisschen die Frage, wie genau hat der gezählt, und waren die Antworten immer richtig oder nicht? Ich weiß gar nicht mehr. Hatten wir da schon freie Antworten?
Kathrin: Wie siehst du das heute? Also, ich nehme an, du wirst damals gesagt haben, das ist eine gute Idee und die Zukunft der Lehre ...
Heidi: Nein, so war es nicht. Zumindest in unserer Gruppe. Wir waren ja ein paar ganz junge Wissenschaftler, sagen wir mal so, ein paar junge Leute, die viel zusammengearbeitet haben, und wir hatten immer die Idee, dass sowas nicht ohne die Lehrenden geht, das heißt, nicht ohne die Tatsache, dass ein Lehrender dahinterstand und auch wusste, was er programmiert hatte und was er dann hinterher auch überprüfen konnte. Dass es nie nur darum geht, etwas abzufragen, sondern eben auch, damit dann weiterzuarbeiten. Das war ja das Komplizierte daran. Die meisten wollten eigentlich nur diese Abfragetechnik.
Kathrin: Was heißt die meisten? Die Lehrenden oder wer?
Heidi: Die Lehrenden. Also zum Beispiel kann ich mich noch erinnern, in Freiburg, da gab es eine Gruppe von einer, die hat Pflanzenbestimmungen gemacht. Das musst du als Student ja am Anfang lernen, wie bestimmst du Pflanzen ... Die haben das dann versucht, in so eine Form zu fassen, dass es eben eine Abfrage ist und du dann vielleicht drei oder vier Antwortmöglichkeiten bekommst und dann wählen konntest.
Kathrin: Aber in Textform, also da waren keine Abbildungen, oder? Ich wüsste jedenfalls nicht, wie. Wenn du Pflanzen bestimmst, dann wäre das ja hilfreich, wenn du gezeigt kriegst, wozu du jetzt ja und nein sagst.
Heidi: Ich weiß nicht mehr, wie das war. Na ja, jedenfalls das waren so die ersten Programme, und mit ein paar anderen von unserer Gruppe haben wir uns ziemlich dagegen gewehrt, weil das ein reines Abfragesystem war. Aber du kannst sowas auch als eine Sache einsetzen, um zu lernen, also um Zusammenhänge darzustellen, und vielleicht eben auch aus einer Simulation heraus eine gewisse Erkenntnis zu bekommen. Das war so mehr unser Ding. Also deswegen bei Drosophila eben auch die Frage: Wenn du die und die Eltern zusammen tust, was kommt denn dann am Ende raus? Das musstest du dir vorher überlegen, und dann hast du eine Anzahl von Ergebnissen bekommen und musstest daraus schließen, wie die Zusammensetzung der Eltern war. Also das war schon eine richtige Simulation.
Kathrin: Das ist dann auch nichts, wo man sagen kann: "Ja, aber wozu? Da kann ich doch genauso gut zu Hause Karteikarten verwenden und muss nicht in ein Rechenzentrum."
Heidi: Genau. Und so war es ja auch mit meinem Chemieprogramm, was ich gemacht habe. Da hattest du Stoffe, und aus der Eigenschaft dieser Stoffe ... wie schwer sie waren, und wie sie mit anderen reagieren, konntest du daraus schließen, was das für ein Stoff gewesen ist. Und du konntest das Periodensystem der Elemente dadurch aufbauen. Also das war so die Grundidee gewesen, und das ist eben nicht etwas, wo du einfach nur schummeln oder raten kannst, sondern du musstest tatsächlich aus den Ergebnissen aufbauen, was am Ende der Grund dafür sein kann, warum die so reagieren. Also das war unsere Grundidee damals von diesen Programmen, und wir hatten uns schnell gegen die gewehrt, die eben nur Abfrageprogramme gemacht haben. Aber das war im Vordergrund, weil viele, viele Dozenten ihre Arbeitserleichterung darin gesehen haben.
Kathrin: Ist doch ganz schön, wenn mal was Neues eingeführt wird und die Leute, die es verwenden sollen, überhaupt irgendeinen Nutzen drin erkennen.
Heidi: Arbeitserleichterung war immer der erste Nutzen. Das waren noch die Sachen, die ich 72, 71 gemacht habe.
Kathrin: Ich nehme an,technisch ist davon nichts erhalten, von der Software oder so?
Heidi: Kann sein, dass ich das Programm irgendwo ...
Kathrin: In welcher Form? Also so als Listing?
Heidi: Möglicherweise.
Kathrin: Wenn du das noch hast, das würde mich interessieren. Wobei, das ist dann wahrscheinlich so ein Stapel ...
Heidi: Nee, das war gar nicht so viel. PLANIT war ja ein ganz tolles Programm, das war ganz easy. Also, das lag wahrscheinlich schon an dem PLANIT selber, dass das so easy war, das war wie BASIC so ein bisschen.
Kathrin: Okay, wenn du es mal findest, mach mal wenigstens ein Foto davon, dass man sich so ein bisschen vorstellen kann, wie der Code aussah.
Heidi: Ich glaube, ich hab von dem Code nichts mehr. Ich hab nur die Ausdrucke von den Studenten, wie die gearbeitet haben ...
Kathrin: Ist ja auch schon mal was.
Heidi: Und dann hatte ich ja damals, das muss man ja noch dazusagen, meine Arbeit gleich am Computer geschrieben. Da konntest du richtig eintippen ...
Kathrin: Weißt du noch, mit was?
Heidi: Ja, PLANIT!
Kathrin: Ach, auch mit PLANIT? Jetzt muss ich PLANIT googeln.
Heidi: BASIC oder PLANIT. Vielleicht habe ich es auch in BASIC gemacht, das weiß ich nicht mehr.
Kathrin: Ja, also, ich finde keinen Hinweis auf irgendeine Siebziger-Jahre-Software namens PLANIT. War PLANIT die Abkürzung für irgendwas?
Heidi: Ja. Programming Language in Interaction ... oder ... Teaching! in Teaching, genau. Findest du nichts? Such doch mal "Klaus Haefner".
Kathrin: Der Name sagt mir was ... aber vielleicht nur, weil du von dem manchmal erzählt hast.
Heidi: Das ist der Chef von dieser Einrichtung bei uns gewesen, der das nach Deutschland gebracht hatte, und der war sehr in dieser Sprache drin. Mit ae geschrieben.
Kathrin: Weiß ich, aus irgendeinem Grund weiß ich das. Der muss irgendwo mal vorgekommen sein ... vielleicht ... ich schaue gleich mal, ob das der ist. Ja, genau! In dem Spiegel-Interview mit Joseph Weizenbaum kommt er nämlich vor, das habe ich schon ab und zu in Vorträgen verwendet. Der ist das! Okay!
Heidi: Und der hat das eingeführt. Das Ganze scheiterte dann in Gießen, als der Haefner weg war, der hat einen Ruf nach Bremen bekommen. Dann hatten wir so irgendeinen Prof, der wollte das weitermachen, der war aber unmöglich, und wir hatten alle keine Lust, mit dem zu arbeiten. Dann sind alle auch wieder weggegangen, der Schramke ist weggegangen, ich bin dann mit Schramke zusammen nach Gießen hoch, weil sie dort ein neues Projekt gemacht haben. Und da lief das meines Erachtens auch sehr darauf hinaus, einfach nur Inhalte anzubieten und die Leute lernen zu lassen. Da war wenig mit Simulationen oder mit Ideen, wie man vielleicht doch schön unterrichten könnte.
Kathrin: Wie hieß dieser Bereich, in dem du da gearbeitet hast, offiziell? Also was hast du damals gesagt?
Heidi: Projekt CUU. Projekt computerunterstützter Unterricht. Das hieß damals so.
Kathrin: Wenn du gesagt hast, ich mache CUU, dann wussten die Leute, was gemeint war?
Heidi: Ja, also an der Freiburger Uni, ja. Später in Berlin habe ich dann mit Leuten zu tun gehabt, die ich schon vorher kennengelernt hatte über Tagungen, die dann auch so was machen wollten dort. Aber da hat die FU Berlin nicht mitgemacht. Du musst ja auch Gelder haben. Die ganzen Sachen scheiterten am Ende am Geld, weil die Computer einfach noch zu aufwändig waren, und du musstest ja viel, viel, viel Platz dafür vorsehen. In Form von Computern, die du da hinstellst.
(Heidi Hecht, befragt von Kathrin Passig im August 2022)
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kinksheriff · 11 months
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Fun little science thing, but if you go on the Bloomington Drosophila Stock Center website (it’s wh ere we buy all our fruit fly stocks for research) you can find a Little Surprise
https://bdsc.indiana.edu/information/index.html
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mercurialbadger · 1 year
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I don't know why people think human neurosurgery is inherently hard, humans are 1,5-2m tall and have skulls about the size of my head, there's nothing harder than Drosophila (2mm tall, head the size of pinhead, and even that is 90% various eyes) neurosurgery, it's just that the people who do it hate tremor disability aids and piezoelectric fine tuning.
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leotide · 2 years
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My fave model I worked on for a special event for EMBL and Vizbi in 2019. Drosophila melanogaster! I love all the little hairs!
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bpod-bpod · 3 months
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Learning from Memory
New genetic tools for greater understanding of the complexity of how memories influence behaviours at the neuronal level in the fruit fly model organism
Read the published research article here
Image from work by Gerald M Rubin and Yoshinori Aso
Janelia Research Campus, Howard Hughes Medical Institute, Ashburn, VA, USA
Image originally published with a Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0)
Published in eLife, January 2024
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jolmi · 1 year
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There are always morning to take life changing decisions.
This has always been something I have believed and told myself again and again. It is never too late to take a deep breath and STOP. You need to pause your life at times to deal with it in a way you are satisfied, and that takes time.
Today I submitted my work that I did for 2 years. It was my very first and best experience. I could not have asked for anything better than what I got. Be it the place or the people, everything made me happy in its own way.
There were of course days when I completely lost hope and thought this is not for me! But the thrill and curiosity kept me going. There were sleepless nights and hectic days. Lots of submissions and lots of work. I might have missed many other things that I could have done, but they are just alternative realities which will always be there. I will never regret choosing my flies over anything else- it was and will always be my best decision.
Finally, it's time to party🥳. I have completed what I signed up for. I met great people and made new memories.
Bye to my cute little drosos and let's please meet again! I will cook for you and only you!
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